在现代社会中，并存着人类和口袋妖怪。人类与它们和谐相处，并且有许多和口袋妖怪有关的职业，像培育师、训练师等。口袋妖怪们平时可以被缩小收入一个叫做精灵球的球内，被训练师带在身上或放在口袋中，口袋妖怪因此得名。故事的主角是一名口袋妖怪训练师，以成为一名最好的训练师为目标，踏上了与其他训练师切磋战斗的奋斗之路。路途中发生了各种有趣的事情，主角也认识了许多好朋友，他们一起在走在努力成为优秀训练师的路上。
主线剧情为火箭队争夺阿尔宙斯的生命宝玉唤醒远古神兽.而主角被卷入一系列事件中
游戏引擎按例是宝石系列的引擎，剧情方面改进很多。
游戏的画风并没有太大改变，只是人设做了相当大的调整，角色看起来更Q版化。
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